小小神经元，却隐藏海量信息（视频，艾伦脑科学研究所权威发布）
iNature：一个人的神经元是另一个人的知识宝库。这是艾伦脑科学研究所的立场，该研究所本周发布了第一个活人脑细胞的开放获取数据库。它包含从36名患者获取的约300个皮层神经元的电学性质数据，以及这些细胞中的100个3D重建，以及来自其他三个患者的16,000个神经元的基因表达数据。与华盛顿地区神经外科医生一起合作，艾伦研究所从患有癫痫或脑肿瘤手术的患者的皮层（大脑最外层的脑组织，掌握知觉，思维和意识）获得健康细胞。这是因为大多数对单个人类脑细胞的研究使用死亡的个体而不是活组织，许多其他人依赖于常见实验动物，特别是小鼠的细胞。新的数据应该帮助研究人员确定人类大脑与其他物种的独特之处，以及什么使健康与患病的大脑成为可能。
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=s13279ctwlw&width=500&height=375&auto=0
1概括
这种脑细胞数据库是从人和小鼠的单细胞数据得出的生物学特征的观察。数据库包含从个体细胞收集的电生理学，形态学和转录组学特征，以及模拟细胞活性的模型。 在数据生成的早期阶段，覆盖面集中在大脑皮质和丘脑神经元的选择区域。使用Cell Feature Search工具浏览电生理反应数据和重建的神经元形态。使用Allen软件开发工具包（SDK）以编程方式访问和分析原始数据，并运行模型。可以通过在Cell Feature Search工具中选择单独的实验，通过下载页面或通过Allen SDK或API访问转录RNA-Seq文件来下载数据。
2小鼠数据
细胞从成年小鼠的选定脑区域获得。 基于携带由细胞型特异性驱动剂驱动的荧光报告基因的转基因小鼠品系鉴定细胞进行分离。 对于电生理和形态学分析，选择基于经典标记的富含表达的兴奋性细胞和抑制性细胞。 选择用于分析的脑区域包括次级运动区（MO）中的来自视觉皮层，运动皮质和前侧运动皮层（ALM）的次区域。
对于转录组学分析，对神经元转基因品系的标进行区域和层状解剖，进行全面采样。 来自外侧膝状核（LGd）的数据也包括在内。
3人类数据
基于“Allen Human Brain Reference Atlas”中描述的结构注释，从颞叶或额叶的捐赠脑组织中获取细胞。 对于皮质中的电生理和形态学分析，细胞是根据肿瘤形状和层状位置选择的。
对于转录组学分析，解剖皮层的各层，并分离神经元核。 层层采样由每层中存在的神经元的相对数量引导。
原文链接
http://www.sciencemag.org/news/2017/10/fresh-human-brains-yield-delicious-data
http://celltypes.brain-map.org/
猜你喜欢
美哭了！Cell及38本Cell子刊10月的封面都在这里了！你最喜欢哪一张？
Science|“菌”从口入，可引起胃肠炎（曹雪涛院士同期文章进行点评）
重磅|植物学新专刊-Plant Direct，将比肩植物学顶尖杂志（推荐）
植物学人|20171024-南方科技大学郭红卫揭示转录因子WRKY75，水杨酸和活性氧物质的三方扩增循环加速叶片衰老过程（推荐）
重磅推荐|我叫白藜芦醇，那些年，您们一直都在误解我，其实我没有那么强大的功能
重磅消息|厉害了，国科大，国科大首批访学本科生交回喜人成绩单
Science Singaling|白藜芦醇在免疫应答中双重的作用（推荐）
植物学人|20171023-南京农业大学陶小荣等人揭示细胞内免疫受体SW-5B赋予抗广谱丝虫病的机制（推荐）
快讯|康奈尔大学华健教授揭示染色质重塑因子CHR5参与植物抗病
中国12所大学顺利挤进全球前100名；上海生科院的生命科学领域全国排名第一，超过清华及北大（重磅推荐）
温馨提示：iNature是介绍一流的，最前沿的科研成果，提供专业的完整的同行解析；另外也会介绍全世界知名的实验室及业界大师；同时为公众提供一个了解生命科学及科研过程的平台。扫描或长按下方二维码可关注“Plant_ihuman”，了解科学领域最新研究进展。另外，iNature公众号也开通了“爱科学爱自然”头条号，欢迎大家关注。
投稿、合作、转载以及招聘信息发布等事宜请联系liupan@sibs.ac.cn 或微信号“13701829856”。