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重磅推出|24篇植物核心CRISPR文章分析(有进行精彩的点评)

2017-11-18 iNature iNature

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iNature:由于前期推出的反响很好,故iNature这一次推出植物CRISPR应用的文章(统计时间是2017年11月10日)。通过专业检索,我们发现,总共有983篇文章(非综述类),总引用量是12731次。我们挑选了最高引用的24篇文章,发现其引用量是4059次,这24篇占到总引用率的31.88%,但是文章只是总文章的2.44%,说明这些文章非常的有影响力。通过对这24篇文章的国家分析,我们发现,中国占了11篇,美国8篇;对于研究就够分析,发现中国科学院有8篇文章,其次是宾夕法尼亚大学及韩国首尔国立大学都是2篇;通过对其杂志分析,发现NBT的文章居然达到了5篇,PNAS是3篇;对通讯作者统计,发现朱健康有4篇,高彩霞是3篇。



1怎么找到植物学领域的CRISPR文章


由于使用百度很难搜索到可靠的英文文章,故在这里,小编推荐使用雅虎搜索引擎,在搜索栏里面输入web of science这几个关键词,得到以下界面(图.1)。


图1.网页的打开


再次,进入web of science网站(这个网站是要收费的,一般综合性大学及中科院会购买),得到了以下的界面(图.2)。




图2.Web of Science界面





在界面输入CRISPR及Plant关键词,同时逻辑关系选择“And”,切记别选错了(图.3)。


图.3 搜索植物相关的CRISPR文章搜索


点击检索,能总共得到1276篇文章,我们之后排除综述及同植物不相关的文章,我们得到983篇文章。




2983篇文章的分析




对于这983文章进行分析,我们发现总引用率是12731次,去除自引,有9071次,施引文章是4659篇,去除自引有4143篇(图.4)。

图.4  983篇文章引用情况


我们再看一下,不同时间对于CRISPR的引用情况,发现2012年前,植物领域的CRISPR几乎为0,但是2013年引用量是194次,2014年是751次,2015年1736次,2016年是4756次,2017年5105次(图.5)。


图.5  983篇文章不同时间段引用情况



之后我们看了引用率排名前24篇文章的引用情况,发现这24文章的总引用时4059,去除自引是3964次,引用的文章达到1446篇(图.6)。


图.6  核心24篇文章引用情况


我们再看看这24篇文章各个时期的引用情况,我们发现2013年引用量为56次,2014年478次,2015年839次,2016年1498次,2017年1157次(由于统计时间是在2017年11月10日,故暂时还不能完全反应2017年的引用量)


图.7  24篇文章不同时间段引用情况



非常的有趣,这24篇占到总引用率的31.88%,但是文章只是总文章的2.44%,说明这些文章非常的有影响力,故我们着重介绍这24篇文章。





324篇文章的分析




我们通过分析,中国占了11篇,美国占了8篇,韩国是2篇,德国及印度都是1篇(图.8


图.8 24篇文章的国家分析


我们通过机构分析,发现中国科学院有8篇文章,其次是宾夕法尼亚大学及韩国首尔国立大学都是2篇,其他机构都是1篇文章(图.9)。


图.9  24篇文章的大学或研究所分析(第一单位)


我们在统计了这24篇文章发在什么杂志上,非常的有趣,在Nature Biotechnology的文章居然达到了5篇,PNAS是3篇,PLANT PHYSIOLOGY,NUCLEIC ACIDS RESEARCH,Mol Plant,Cell Res都是2篇,另外的文章发在其他杂志上,都是1篇,故就不再这里罗列了(图.10


图.10  24篇文章所发杂志分析


最后我们统计了通讯作者,发现朱健康有4篇,高彩霞有3篇,Kim Jin-Soo及Yang Yinong都是2篇,这4个人发的文章达到了11篇。




424篇文章列表级点评



  1. Targeted genome modification of crop plants using a CRISPR-Cas system;【点评:最早三篇CRISPR在植物中应用的文章,而且都是首次应用,故都发表在了Nature Biotechnology上,影响很大

  2. Multiplex and homologous recombination-mediated genome editing in Arabidopsis and Nicotiana benthamiana using guide RNA and Cas9;【点评:最早三篇CRISPR在植物中应用的文章,而且都是首次应用,故都发表在了Nature Biotechnology上,影响很大

  3. Simultaneous editing of three homoeoalleles in hexaploid bread wheat confers heritable resistance to powdery mildew;【点评:第一次三倍体小麦基因敲除,基因敲除小麦抗白粉病

  4. Targeted mutagenesis in the model plant Nicotiana benthamiana using Cas9 RNA-guided endonuclease;【点评:早期的CRISPR在植物中应用的方法学文章

  5. Efficient genome editing in plants using a CRISPR/Cas system;【点评:第一次在拟南芥和水稻中对多个基因用CRISPR技术进行敲除

  6. The CRISPR/Cas9 system produces specific and homozygous targeted gene editing in rice in one generation;【点评:目前为止对CRISPR产生突变的类型,遗传性,特异性最详细的分析;第一次提出通过愈伤方法转化在T0代可以得到纯合株系,并分析了原因

  7. Targeted mutagenesis in rice using CRISPR-Cas system;【点评:最早期的几篇用CRISPR技术突变水稻基因的文章之一

  8. Multigeneration analysis reveals the inheritance, specificity, and patterns of CRISPR/Cas-induced gene modifications in Arabidopsis;【点评:第一次在植物(拟南芥)中分析了CRISPR产生突变的类型,遗传性及特异性等

  9. RNA-Guided Genome Editing in Plants Using a CRISPRCas System;【点评:最早期的几篇用CRISPR技术突变植物基因的文章之一

  10. Demonstration of CRISPR/Cas9/sgRNA-mediated targeted gene modification in Arabidopsis, tobacco, sorghum and rice;【点评:做的物种多,而且高粱中第一次应用CRISPR技术

  11. A Robust CRISPR/Cas9 System for Convenient, High-Efficiency Multiplex Genome Editing in Monocot and Dicot Plants;【点评:在植物中提供有效多敲策略的文章

  12. Targeted Mutagenesis in Zea mays Using TALENs and the CRISPR/Cas System;【点评:最早玉米中应用CRISPR技术

  13. Efficient Gene Editing in Tomato in the First Generation Using the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR-Associated9 System;【点评:最早番茄中应用CRISPR技术

  14. Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases;【点评:第一个提供sgRNA设计的网站文章

  15. Both CRISPR/Cas-based nucleases and nickases can be used efficiently for genome engineering in Arabidopsis thaliana;【点评:第一次提出cas9 nickase的用处

  16. Application of the CRISPRCas System for Efficient Genome Engineering in Plants;【点评:最早期的几篇用CRISPR技术突变植物基因的文章之一

  17. Boosting CRISPR/Cas9 multiplex editing capability with the endogenous tRNA-processing system;【点评:第一次植物中实现多个基因敲除

  18. Large chromosomal deletions and heritable small genetic changes induced by CRISPR/Cas9 in rice;【点评:第一次应用CRISPR技术用于大片段敲除

  19. RNA-Guided Genome Editing for Target Gene Mutations in Wheat;【点评:最早期的几篇用CRISPR技术突变植物基因的文章之一

  20. A CRISPR/Cas9 toolkit for multiplex genome editing in plants;【点评:最早提出构建多敲载体的方法

  21. DNA-free genome editing in plants with preassembled CRISPR-Cas9 ribonucleoproteins;【点评:第一次CRISPR用非转基因(不需要载体插入基因组)方法用于基因突变

  22. Targeted Mutagenesis, Precise Gene Editing, and Site-Specific Gene Insertion in Maize Using Cas9 and Guide RNA;【点评:早期gene editing的文章

  23. Genome editing in rice and wheat using the CRISPR/Cas system;【点评:早期的CRISPR在植物中应用的方法学文章

  24. Auxin binding protein 1 (ABP1) is not required for either auxin signaling or Arabidopsis development.【点评:用CRISPR砸了好多人的饭碗



致谢:感谢朱健康组张辉博士对于这24篇文章做了精彩的点评。



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